Wicked vertelt het verhaal voor het bekende The Wizard of Oz. Waarom is de Wicked Witch of the West zo gemeen en meedogenloos? Of spelen er andere zaken… We volgen de jonge heks Elphaba op haar zoektocht naar haar ware ik. Door haar groene huidskleur is ze al gauw een buitenbeentje op Shiz University. Ze wordt er gepest en buitengesloten. Ook met haar kamergenoot Glinda botert het niet. Glinda (Galinda) is een van zichzelf overtuigde jongedame, die door haar looks en gevoel voor mode enorm populair is.

Elphaba wordt vanwege haar uitzonderlijke toverkracht onder de hoede genomen door schoolhoofd Madame Morrible. Omdat Glinda vindt dat zij hier ook recht op heeft, papt ze aan met Elphaba. De twee leren elkaar beter kennen en te respecteren. Uiteindelijk bloeit er een vriendschap tussen de twee op.

Madame Morrible plant een bezoek voor Elphaba bij de Wizard of Oz in Smaragdstad. Glinda gaat met haar mee. Maar het blijkt een valstrik en Elphaba vlucht vliegend op haar bezem. Iedereen keert zich weer tegen haar. Om aan haar tegenstanders te ontsnappen zet ze haar eigen dood in scene.